На факультете аграрной экономики действуют следующие кафедры:
- Кафедра экономики аграрного сектора
- Кафедра финансов и экономической теории
- Кафедра социальных наук и мультикультурализма

В последние годы кафедрой аграрной экономики разработаны исследования по направлениям «Обоснование экономического механизма развития инновационного и экспортно-ориентированного предпринимательства в сельском хозяйстве» (2013-2015 гг.), «Экономический механизм модернизации производственной структуры». в сельском хозяйстве ». и его обоснование »(2016-2018 гг.). В настоящее время на кафедре проводятся исследования на тему« Экономический механизм сотрудничества в АПК и его совершенствование »(2018-2020 гг.). Особое внимание кафедра уделяет развитию научно-педагогических деятельность молодых преподавателей.

Кафедра финансов и экономической теории реализовал локальный проект «Экономическое обоснование диверсификации структуры сельскохозяйственного производства», анонсированный Фондом развития науки в 2015-2016 годах. В результате проекта в учебных и научно-исследовательских институтах страны за счет средств Фонда развития науки издана монография «Диверсификация структуры сельскохозяйственного производства».

Кафедра социальных наук и мультикультурализма работает с момента основания университета.

На кафедре ведутся исследования по трем направлениям:
I. Исторические этапы и правовые этапы политики сотрудничества в годы Советской власти.
II. Этапы политической истории мирового сотрудничества и юридические этапы.
III. Правовые основы и исторические перспективы политики сотрудничества в Азербайджане в современное время.