Паталого-анатомический музей АГАУ был создан в 50-60-ые годы прошлого года профессором А.М.Халиловым и доцентом Ф.И.Намазовым. Раньше музей был расположен в маленькой комнате. В 2017-ом году музей  был отремонтирован и переведен в отвечающее современным требованиям здание. В здании имеются четыре комнаты. Один из них отведен для музея, а в других помещены прозекторы для  вскрытия трупов животных, комнаты для подготовки препаратов и хранения реактивов музея. В музее собраны многочисленные интересные экспонаты, охватывающие все отрасли паталогической анатомии. Здесь имеются около 2 тысяч экспонатов по некрозам, атрофиям, нарушениям кровообращения, опухолям, воспалениям, неинфекционным внутренним заболеваниям, широко распространенным в Азербайджане инфекционным и инвазионным заболеваниям.